Sampah merupakan musuh utama bagi kelestarian hewan maupun tumbuhan yang ada di Suaka Margasatwa Muara Angke. Sampah yang masuk dapat menutupi akar mangrove dan membuat tanaman tersebut kekurangan nutrisi dan pada akhirnya akan mati.

Sampah juga menjadi ancaman nyata bagi satwa. Monyet ekor panjang Macaca Fascicularis yang secara alami memakan buah pidada berubah perilaku menjadi pengais sampah sejak sampah masuk ke Suaka Margasatwa Muara Angke.

Beberapa spesies burung air yang mencari makan ditepi sungai kerap mencari ikan diantara tumpukan sampah. Dan ini merupakan salah satu ancaman keselamatan berbagai spesies burung air.